Ziel der Therapie ist in erster Linie die Linderung der Symptome, die Behandlung akuter Entzündungsschübe und die Verringerung der Anzahl akuter Schübe.
Der genaue Behandlungsplan hängt unter anderem von den Symptomen und der Intensität des jeweiligen Schubes ab. Meist werden während eines Schubes Kortison oder ähnliche Entzündungshemmer verabreicht.
Kortisonpräparate eignen sich zur Behandlung von akuten Schüben, da diese die Aktivität des Immunsystems eindämmen. Sie zählen deshalb mit zu den wichtigsten Präparaten bei der Behandlung von Morbus Crohn. Aufgrund zahlreicher unerwünschter Nebenwirkungen wie Gewichtszunahme, Bluthochdruck, einer erhöhten Infektanfälligkeit sowie Osteoporose, eignen sich diese Medikamente jedoch, vor allem in hoher Dosierung, nur zur kurzzeitigen Anwendung.
Ist die Gabe von Kortison oder von anderen entzündungshemmenden Medikamenten nicht ausreichend, so können zusätzlich sogenannte Immunsuppressiva verabreicht werden, die das Immunsystem etwas herabsetzen, sodass der Körper weniger gegen sich selbst arbeiten kann. Diese Präparate eignen sich zur Dauertherapie, um das Aufflammen neuer Entzündungsschübe zu verhindern und die Remissionsphasen möglichst lange auszudehnen.
Da durch den anhaltenden Durchfall viele Vitamine und Mineralstoffe verloren gehen, müssen auch diese oft in Form von Tabletten oder auch intravenös zugeführt werden. Kommt es in sehr kleinen Abständen immer wieder zu Schüben, werden oft auch dauerhaft Medikamente verabreicht, die einen Schub verhindern oder zumindest aufschieben sollen.
Bei vielen an Morbus Crohn Erkrankten zeigt die Behandlung mit Medikamenten gute Erfolge. Dennoch kommt es vor, dass sie nicht den gewünschten Erfolg zeigt oder Komplikationen wie zum Beispiel Darmverengungen oder ein Darmverschluss auftreten. Dann muss ein operativer Eingriff erfolgen. So werden zum Beispiel Stenosen in einem bestimmten Operationsverfahren (Strikturoplastik) beseitigt. Dabei wird mit einem Längsschnitt die Darmstenose aufgeschnitten, die Vernähung der Darmwand erfolgt jedoch quer, um so die Darmenge zu erweitern. Auf diese Weise ist eine normale Stuhlpassage möglich und es muss kein Darm entfernt werden.
Ebenso kann ein chirurgischer Eingriff zur Entfernung von Fisteln erfolgen. Abszesse werden häufig mit Hilfe von Drainagen behandelt, wobei nach Abklingen der Symptome die Ursache operativ entfernt wird.